Tout commence en 1965 lorsque Jean Perrin et son épouse créent leur fromagerie au coeur du massif du Jura et décident de fabriquer du Morbier. La passion de l'artisan, un savoir-faire hérité des maîtres fromagers jurassiens, des écoles de laiteries à proximité et un terroir exceptionnel permettent à l'entreprise de connaître un succès commercial et d'imposer le Morbier Jean Perrin comme une référence sur le marché.

Les fils de Jean Perrin poursuivent l'oeuvre de leur père dans le respect de la tradition. En plus de l'AOC Morbier en 2000, l'entreprises remporte de nombreux prix  dans les concours. Aujourd'hui, Jean Perrin est le dernier formager de la vallée de la Loue.

50% de la production de l'entreprise est réalisée sous AOC. Perrin est également certifié Ecocert pour sa gamme de produits biologiques et Bleu Blan Coeur pour sa gamme de fromages à pâtes molles naturellement riches en Omega 3. Déjà sous certification ISO 9001, l'entreprise est en cours de certification ISO 22000 pour la sécurité alimentaire et ISO 140001 pour le respect de l'environnement.